Após a nave Vortex de Cortex ser destruída, um pedaço dela cai sobre uma caverna e liberta uma máscara do mal chamada Uka Uka, irmão da máscara de Crash, Aku Aku.

        Cortex, que não foi derrotado, descobre a máscara e se une a ela para se vingar de Crash. Mas, Uka Uka não confia totalmente em Cortex, então chama um novo amigo - inimigo de Crash - chamado Nefarious Tropy.

        Crash e Coco devem então correr contra o tempo e coletar os 25 cristais antes de seus inimigos e derrotar os planos malignos de Uka Uka, Cortex e seus amigos. Eles deverão viajar por várias épocas da história e locais marcantes como a Muralha da China, Impérios Medieviais, o Futuro, o Deserto, a Era dos Dinossauros, entre outros.