Após o Doominator ter caído em Wumpa Island, Neo Cortex - que conseguiu fugir com Nina Cortex - a coloca num colégio interno e se une a Nitrus Brio para bolarem mais um plano maléfico para destruir Crash e Wumpa Island.

        O plano consiste em criar um artefato capaz de controlar a mente dos mutantes da ilha, inclusive bandicoots. Para convencer os habitantes de Wumpa Island, mais especificamente, nossos amigos marsupiais, Neo Cortex e Nitrus Brio elaboram um programa de TV fazendo propaganda do tal artefato. Segundo eles, o artefato possui vários recursos tecnológicos criando inclusive uma realidade virtual para o usuário. A turma de Crash compra o tal artefato, porém apenas Crunch e Coco conseguem colocá-lo em suas cabeças.

        Nesse momento, os dois começam a agir de modo estranho. É aí que Crash e Aku-Aku começam sua nova aventura, tendo que descobrir quem foi que criou o artefato e destruí-lo de uma vez por todas, além de trazer seus amigos de volta ao estado normal.