Crash, Coco, Crunch e Aku Aku estão fazendo suas tarefas diárias quando, de repente surge o dirigível de Neo Cortex... Coisa boa não deve ser! E não é mesmo: Cortex seqüestra Coco e tenta o mesmo com Aku Aku, mas Crash o impede. Para completar, Cortex congela Crunch, ou seja, somente Crash e Aku Aku poderão salvar Coco das garras de Neo Cortex.

        Durante a aventura, Crash descobre que Neo Cortex está roubando o Mojo - esfera de energia dos seres vivos, que lhes dão força. Cortex pretende usar o Mojo para criar um exército de monstros mutantes. Para que Crash consiga derrotar os monstros, Aku Aku oferece a Crash a possibilidade de controlá-los a fim de derrotá-los.